2021年12月29日,Journal of Genetics and Genomics 在線發表國家基因庫生命大數據平臺團隊和深圳華大生命科學研究院精準健康研究所和超級細胞所團隊合作題為“CDCP: a visualization and analyzing platform for single-cell datasets”的研究論文。該論文介紹了單細胞數據可視化分析平臺CDCP可提供全面的單細胞數據資源和便捷的可視化在線分析工具。
CDCP是一個單細胞數據集成、共享、分析的綜合平臺。其主要功能包括:1. 用戶可以在線獲取CDCP收錄數據集中樣本的詳細信息,并允許下載每個單細胞數據集的原始序列和表達矩陣;2. CDCP提供了一個共享和集成單細胞轉錄組學數據集平臺,并允許用戶上傳數據,可以實時更新;3. CDCP允許使用tSNE細胞降維圖、不同細胞類型的聚類分析圖以及顯示不同細胞類型數量的直方圖對每個單細胞數據集進行可視化,其中多個基因在不同細胞類型或簇中的表達模式可通過聚類圖和小提琴圖顯示。此外,CDCP還提供一個用戶友好的分析流程,通過提供單細胞表達矩陣,用戶可以在線對感興趣的細胞數據集進行重新分析,包括數據質控、注釋高度可變基因、降維/聚類、分析用于表征群體特征的標記基因等。
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