摘要：CNGBdb成為GISAID的中國首個(gè)正式授權(quán)平臺(tái)

      3月11日，世界衛(wèi)生組織（WHO） 宣布2019冠狀病毒病（COVID-19）具有全球大流行特征。3月16日，深圳國家基因庫（以下簡稱為國家基因庫）與全球共享流感數(shù)據(jù)倡議組織（GISAID）達(dá)成戰(zhàn)略性合作。國家基因庫生命大數(shù)據(jù)平臺(tái)（CNGBdb）成為GISAID的中國首個(gè)正式授權(quán)平臺(tái)。

      2008年建立的GISAID是目前全球最大的流感及新型冠狀病毒數(shù)據(jù)平臺(tái)。中國在抗擊嚴(yán)重急性呼吸綜合征（SARS）、甲型HIN1流感、人感染H7N9禽流感、COVID-19等疫情中發(fā)揮了重要作用。目前世界各地的研究團(tuán)隊(duì)正共同努力、積極開展新型冠狀病毒的相關(guān)研究，包括病毒的自然史、流行病學(xué)、疫苗、診斷試劑、治療工具等。本次戰(zhàn)略合作將幫助我國科研工作者獲得一站式病毒數(shù)據(jù)資源訪問服務(wù)和更加豐富的分析工具，也標(biāo)志著我國科研機(jī)構(gòu)在合規(guī)合法、保護(hù)數(shù)據(jù)生產(chǎn)者和提交者權(quán)利的前提下，促進(jìn)全球范圍新型冠狀病毒及流感數(shù)據(jù)共享方面邁出重要一步。

      疫情的科學(xué)防治需要病毒數(shù)據(jù)全球共享

      呼吸道傳染病相關(guān)病毒數(shù)據(jù)的全球共享對(duì)于保護(hù)人類健康至關(guān)重要。特別是在疫情發(fā)生期間，快速共享病毒數(shù)據(jù)，可為評(píng)估疫情風(fēng)險(xiǎn)、啟動(dòng)公共衛(wèi)生應(yīng)對(duì)措施及制定醫(yī)療對(duì)策提供依據(jù)。

      近年來全球范圍內(nèi)病毒引起的呼吸道傳染病頻發(fā)，其中2009年甲型H1N1流感導(dǎo)致約15.17萬~57.55萬人死亡，2019年COVID-19持續(xù)威脅著人類健康。3 月 11 日，WHO宣布COVID-19已具有全球大流行（Pandemic）特征。截至北京時(shí)間3月14日17時(shí)，除中國以外的135個(gè)國家和地區(qū)報(bào)告了COVID-19確診病例61518例，其中死亡2199例。

      截至3月13日，美國國家生物技術(shù)信息中心（NCBI）文獻(xiàn)庫收錄的各類新型冠狀病毒的研究文章已達(dá)800+篇，中國臨床試驗(yàn)注冊(cè)中心網(wǎng)站新型冠狀病毒肺炎臨床研究索引顯示的注冊(cè)實(shí)驗(yàn)已有393項(xiàng)。

      國家基因庫攜手GISAID共促病毒數(shù)據(jù)全球共享

      為共同助力全球呼吸道傳染病相關(guān)病毒研究，國家基因庫與GISAID達(dá)成戰(zhàn)略性合作，雙方將圍繞呼吸道傳染病相關(guān)病毒的基因數(shù)據(jù)管理、共享、分析等方面展開全面合作，促進(jìn)病毒數(shù)據(jù)的全球共享。

      全球共享流感數(shù)據(jù)倡議組織（GISAID）倡導(dǎo)的數(shù)據(jù)共享機(jī)制在維護(hù)全球公共安全方面發(fā)揮著重要作用，通過幾乎實(shí)時(shí)的監(jiān)測，可快速應(yīng)對(duì)和緩解季節(jié)性流感和全球大流行性流感，以及目前的新型冠狀病毒全球大流行。GISAID的數(shù)據(jù)來源于全球14000名研究人員和1500個(gè)機(jī)構(gòu)，其獨(dú)特的數(shù)據(jù)共享機(jī)制可以促進(jìn)相關(guān)研究取得快速進(jìn)展，例如推動(dòng)對(duì)COVID-19的認(rèn)知和相關(guān)醫(yī)療對(duì)策的研發(fā)。GISAID針對(duì)新型冠狀病毒開發(fā)的EpiCoV?數(shù)據(jù)庫，目前已收錄656條新型冠狀病毒序列數(shù)據(jù)（截至3月13日），已超越傳統(tǒng)的數(shù)據(jù)平臺(tái)。同時(shí)，傳統(tǒng)數(shù)據(jù)平臺(tái)（比如公有領(lǐng)域的數(shù)據(jù)庫）因允許匿名訪問而導(dǎo)致數(shù)據(jù)所有者權(quán)益不受保護(hù)、數(shù)據(jù)使用不透明的問題，在GISAID的數(shù)據(jù)共享機(jī)制中不復(fù)存在。

CNGBdb-GISAID 鏡像庫 

      深圳國家基因庫（China National GeneBank，CNGB）是我國首個(gè)國家級(jí)綜合性基因庫，也是國家重大科技基礎(chǔ)設(shè)施之一。2011年由國家發(fā)展改革委員會(huì)、財(cái)政部、工業(yè)和信息化部、衛(wèi)生健康委員會(huì)（原衛(wèi)生部）四部委批復(fù)建設(shè)，并在以國家發(fā)展改革委員會(huì)和深圳市政府為聯(lián)合理事長單位的理事會(huì)指導(dǎo)下，搭建起貫穿遺傳資源“存（生物樣本資源庫、動(dòng)植物資源活體庫、生物信息數(shù)據(jù)庫）、讀（數(shù)字化平臺(tái)）、寫（基因合成與編輯平臺(tái)）”能力的公益性、開放性、引領(lǐng)性、戰(zhàn)略性科技平臺(tái)。

      在生命科學(xué)步入大數(shù)據(jù)時(shí)代的背景下，國家基因庫生命大數(shù)據(jù)平臺(tái)（CNGBdb）作為國內(nèi)最大的生物大數(shù)據(jù)中心之一，匯集了國家基因庫及全球其他重要數(shù)據(jù)源的公開數(shù)據(jù)，同時(shí)提供可信共享計(jì)算平臺(tái)等多種應(yīng)用工具，致力于為科研工作者提供生物大數(shù)據(jù)共享和應(yīng)用服務(wù)。在本次新型冠狀病毒疫情中，CNGBdb平臺(tái)已經(jīng)匯總了國家基因庫歸檔及NCBI的病毒序列數(shù)據(jù)資源159條（截至3月13日），助力研究人員快速發(fā)現(xiàn)、檢索和分析病毒。

      CNGBdb作為GISAID正式授權(quán)平臺(tái)，秉承GISAID數(shù)據(jù)共享理念，維護(hù)數(shù)據(jù)生產(chǎn)者和數(shù)據(jù)提交者的權(quán)利，為國內(nèi)科技成果發(fā)布搭建便捷通道，并與GISAID共同推進(jìn)全球病毒基因組序列和相關(guān)信息資源可信共享機(jī)制的建設(shè)。

      全新數(shù)據(jù)服務(wù)體驗(yàn)助力呼吸道傳染病研究

      一站式獲取最全面數(shù)據(jù)信息

      CNGBdb為您提供一站式數(shù)據(jù)訪問服務(wù)，將包括GISAID、NCBI和CNGB的病毒數(shù)據(jù)，并保持同步更新。即日起，用戶可登陸CNGBdb病毒數(shù)據(jù)庫（https://db.cngb.org/virus/）查看/下載新型冠狀病毒數(shù)據(jù)信息。

      便捷的GISAID訪問

      CNGBdb設(shè)立GISAID“鏡像站”（https://db.cngb.org/gisaid/），以中英文兩種語言為國內(nèi)用戶提供便捷的GISAID訪問通道，全面提升訪問及數(shù)據(jù)下載速度。

      實(shí)時(shí)動(dòng)態(tài)的數(shù)據(jù)分析

      CNGBdb 基于GISAID使用的Nextstrain（實(shí)時(shí)可視化工具）開發(fā)上線了針對(duì)新型冠狀病毒基因組的多方安全聯(lián)合計(jì)算工具，推動(dòng)病毒基因組數(shù)據(jù)共享，追蹤病毒演化，監(jiān)測新型突變。

      國家基因庫長期致力于建立生命資源的全球性合作網(wǎng)絡(luò)，本次與GISAID的合作，將進(jìn)一步推進(jìn)全球生命大數(shù)據(jù)資源可信共享機(jī)制的建設(shè)，為各國共同應(yīng)對(duì)全球健康挑戰(zhàn)、共建人類命運(yùn)共同體做出貢獻(xiàn)。

      引用

      1. https://www.who.int/

      2. 《柳葉刀-傳染病》:甲型H1N1流感致死人數(shù)遠(yuǎn)高此前估計(jì)[J]. 現(xiàn)代生物醫(yī)學(xué)進(jìn)展, 2012, 12(32):I0002-I0002.

      3. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/sars-cov-2-seqs/

      4. http://www.chictr.org.cn/index.aspx

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