摘要：CNGBdb成為GISAID的中國首個正式授權平臺

      3月11日，世界衛(wèi)生組織（WHO） 宣布2019冠狀病毒病（COVID-19）具有全球大流行特征。3月16日，深圳國家基因庫（以下簡稱為國家基因庫）與全球共享流感數(shù)據(jù)倡議組織（GISAID）達成戰(zhàn)略性合作。國家基因庫生命大數(shù)據(jù)平臺（CNGBdb）成為GISAID的中國首個正式授權平臺。

      2008年建立的GISAID是目前全球最大的流感及新型冠狀病毒數(shù)據(jù)平臺。中國在抗擊嚴重急性呼吸綜合征（SARS）、甲型HIN1流感、人感染H7N9禽流感、COVID-19等疫情中發(fā)揮了重要作用。目前世界各地的研究團隊正共同努力、積極開展新型冠狀病毒的相關研究，包括病毒的自然史、流行病學、疫苗、診斷試劑、治療工具等。本次戰(zhàn)略合作將幫助我國科研工作者獲得一站式病毒數(shù)據(jù)資源訪問服務和更加豐富的分析工具，也標志著我國科研機構在合規(guī)合法、保護數(shù)據(jù)生產者和提交者權利的前提下，促進全球范圍新型冠狀病毒及流感數(shù)據(jù)共享方面邁出重要一步。

      疫情的科學防治需要病毒數(shù)據(jù)全球共享

      呼吸道傳染病相關病毒數(shù)據(jù)的全球共享對于保護人類健康至關重要。特別是在疫情發(fā)生期間，快速共享病毒數(shù)據(jù)，可為評估疫情風險、啟動公共衛(wèi)生應對措施及制定醫(yī)療對策提供依據(jù)。

      近年來全球范圍內病毒引起的呼吸道傳染病頻發(fā)，其中2009年甲型H1N1流感導致約15.17萬~57.55萬人死亡，2019年COVID-19持續(xù)威脅著人類健康。3 月 11 日，WHO宣布COVID-19已具有全球大流行（Pandemic）特征。截至北京時間3月14日17時，除中國以外的135個國家和地區(qū)報告了COVID-19確診病例61518例，其中死亡2199例。

      截至3月13日，美國國家生物技術信息中心（NCBI）文獻庫收錄的各類新型冠狀病毒的研究文章已達800+篇，中國臨床試驗注冊中心網站新型冠狀病毒肺炎臨床研究索引顯示的注冊實驗已有393項。

      國家基因庫攜手GISAID共促病毒數(shù)據(jù)全球共享

      為共同助力全球呼吸道傳染病相關病毒研究，國家基因庫與GISAID達成戰(zhàn)略性合作，雙方將圍繞呼吸道傳染病相關病毒的基因數(shù)據(jù)管理、共享、分析等方面展開全面合作，促進病毒數(shù)據(jù)的全球共享。

      全球共享流感數(shù)據(jù)倡議組織（GISAID）倡導的數(shù)據(jù)共享機制在維護全球公共安全方面發(fā)揮著重要作用，通過幾乎實時的監(jiān)測，可快速應對和緩解季節(jié)性流感和全球大流行性流感，以及目前的新型冠狀病毒全球大流行。GISAID的數(shù)據(jù)來源于全球14000名研究人員和1500個機構，其獨特的數(shù)據(jù)共享機制可以促進相關研究取得快速進展，例如推動對COVID-19的認知和相關醫(yī)療對策的研發(fā)。GISAID針對新型冠狀病毒開發(fā)的EpiCoV?數(shù)據(jù)庫，目前已收錄656條新型冠狀病毒序列數(shù)據(jù)（截至3月13日），已超越傳統(tǒng)的數(shù)據(jù)平臺。同時，傳統(tǒng)數(shù)據(jù)平臺（比如公有領域的數(shù)據(jù)庫）因允許匿名訪問而導致數(shù)據(jù)所有者權益不受保護、數(shù)據(jù)使用不透明的問題，在GISAID的數(shù)據(jù)共享機制中不復存在。

CNGBdb-GISAID 鏡像庫 

      深圳國家基因庫（China National GeneBank，CNGB）是我國首個國家級綜合性基因庫，也是國家重大科技基礎設施之一。2011年由國家發(fā)展改革委員會、財政部、工業(yè)和信息化部、衛(wèi)生健康委員會（原衛(wèi)生部）四部委批復建設，并在以國家發(fā)展改革委員會和深圳市政府為聯(lián)合理事長單位的理事會指導下，搭建起貫穿遺傳資源“存（生物樣本資源庫、動植物資源活體庫、生物信息數(shù)據(jù)庫）、讀（數(shù)字化平臺）、寫（基因合成與編輯平臺）”能力的公益性、開放性、引領性、戰(zhàn)略性科技平臺。

      在生命科學步入大數(shù)據(jù)時代的背景下，國家基因庫生命大數(shù)據(jù)平臺（CNGBdb）作為國內最大的生物大數(shù)據(jù)中心之一，匯集了國家基因庫及全球其他重要數(shù)據(jù)源的公開數(shù)據(jù)，同時提供可信共享計算平臺等多種應用工具，致力于為科研工作者提供生物大數(shù)據(jù)共享和應用服務。在本次新型冠狀病毒疫情中，CNGBdb平臺已經匯總了國家基因庫歸檔及NCBI的病毒序列數(shù)據(jù)資源159條（截至3月13日），助力研究人員快速發(fā)現(xiàn)、檢索和分析病毒。

      CNGBdb作為GISAID正式授權平臺，秉承GISAID數(shù)據(jù)共享理念，維護數(shù)據(jù)生產者和數(shù)據(jù)提交者的權利，為國內科技成果發(fā)布搭建便捷通道，并與GISAID共同推進全球病毒基因組序列和相關信息資源可信共享機制的建設。

      全新數(shù)據(jù)服務體驗助力呼吸道傳染病研究

      一站式獲取最全面數(shù)據(jù)信息

      CNGBdb為您提供一站式數(shù)據(jù)訪問服務，將包括GISAID、NCBI和CNGB的病毒數(shù)據(jù)，并保持同步更新。即日起，用戶可登陸CNGBdb病毒數(shù)據(jù)庫（https://db.cngb.org/virus/）查看/下載新型冠狀病毒數(shù)據(jù)信息。

      便捷的GISAID訪問

      CNGBdb設立GISAID“鏡像站”（https://db.cngb.org/gisaid/），以中英文兩種語言為國內用戶提供便捷的GISAID訪問通道，全面提升訪問及數(shù)據(jù)下載速度。

      實時動態(tài)的數(shù)據(jù)分析

      CNGBdb 基于GISAID使用的Nextstrain（實時可視化工具）開發(fā)上線了針對新型冠狀病毒基因組的多方安全聯(lián)合計算工具，推動病毒基因組數(shù)據(jù)共享，追蹤病毒演化，監(jiān)測新型突變。

      國家基因庫長期致力于建立生命資源的全球性合作網絡，本次與GISAID的合作，將進一步推進全球生命大數(shù)據(jù)資源可信共享機制的建設，為各國共同應對全球健康挑戰(zhàn)、共建人類命運共同體做出貢獻。

      引用

      1. https://www.who.int/

      2. 《柳葉刀-傳染病》:甲型H1N1流感致死人數(shù)遠高此前估計[J]. 現(xiàn)代生物醫(yī)學進展, 2012, 12(32):I0002-I0002.

      3. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/sars-cov-2-seqs/

      4. http://www.chictr.org.cn/index.aspx

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